В диспетчере задач закройте все процессы Skype и будет вам щастье! Ну и запуск от имени администратора, разумеется. Windows 10 x64, режима совместимости с какой либо другой версией не требуется. Мне кажется проблема в следующем:
Использование «скинов»
Программа использует компонент AlphaSkins, что позволяет пользователю изменять внешний вид приложения
На попытку изменить скин появляется сообщение, что компонент AlphaSkins устаревшей версии, требует обновления и интерфейс будет отображаться некорректно.